Církve i stát mohou nejlépe naplňovat své poslání, pokud jsou formálně i reálně nezávislé. Projevem reálné nezávislosti těchto institucí je dovršení procesu odluky církve od státu. Tento problém se v naší společnosti s různou intenzitou řeší už od roku 1918. Již v Prohlášení nezávislosti Československé republiky 28. října 1918, podepsaném Masarykem, Štefánikem a Benešem, je stanovisko o nezbytnosti odluky církve od státu. K naplnění tohoto požadavku v průběhu první republiky nedošlo především z obavy, že nejednotnost názoru na provedení odluky, ohrozí národní svornost.
Zatímco mnohonárodnostní charakter první republiky znemožnil vyřešit problém odluky církve od státu, zdá se, že současnost v souvislosti s problémem restitucí církevního majetku nabízí vhodné podmínky pro uskutečnění ekonomické odluky církve od státu. V oblasti duchovní státní orgány nijak nezasahují do činnosti církví. Neplatí to však vždy opačně, protože „jablkem sváru“ zůstává církevní majetek, resp. problém financování církví.
Pro řešení tohoto problému je vhodné rozdělit činnosti církví podle určitých shodných rysů do tří skupin a od toho odvodit způsob financování.
- Duchovní činnost a charita jsou jádrem činnosti církví. Měly by být financovány pouze z vlastních církevních zdrojů bez jakékoli pomoci státu.
- Služby poskytované církvemi – např. domovy pro invalidy, opuštěné děti atd., jsou ve vztahu ke státu ve stejné pozici jako služby poskytované kteroukoli jinou organizací. Pokud stát není schopen zabezpečit potřebnou nabídku těchto služeb prostřednictvím svých zařízení za předpokladu společenského koncensus o nezbytnosti zabezpečování těchto služeb, neexistuje žádný důvod pro diskriminaci církevních aktivit v této oblasti. Církve v oblasti zdravotních, sociálních a jiných služeb nabízejí a prodávají své služby jako jiné organizace a společnost prostřednictvím státu je subjektem, který tyto služby bude nakupovat na základě dobrovolné smlouvy. Dobrovolnost samozřejmě předpokládá vzájemnou výhodnost. Za tyto služby stát jejich poskytovatelům, včetně církví a řádů, platí.
- Nejproblémovější oblastí je ochrana kulturního dědictví. Církve vlastní nebo užívají řadu kulturních památek, jejichž udržování je tak náročné, že církve v pozici vlastníka nejsou schopny udržovat tyto subjekty v dobrém stavu. Řešením současné nevyhovující situace jsou smlouvy o financování a udržování těchto památek mezi církví a státem. Smlouvy by se týkaly konkrétních objektů. Už samotné zařazení určitého objektu mezi kulturní památky představuje pro jeho majitele omezení vlastnických práv. To je dostatečný důvod pro odškodnění vlastníků za omezení jejich práv. Práva omezil ten, kdo rozhodl o zařazení objektu mezi kulturní památky. Stát tedy bude muset platit. Vláda by proto měla vytvořit rozpočtovou položku, na níž by se shromažďovaly finanční prostředky připadající na jednotlivé kulturní památky (např. 0,05 – 0,1 % jejich odhadní ceny ročně). Vlastníkům objektu by se z těchto prostředků vyplácela částka na částečné uhrazení nákladů na opravu kulturní památky podle charakteru opravy na smluvním základě. Pokud by vlastník nebyl schopen udržovat kulturní památku v dobrém stavu, mohl by mu stát přispět na opravu za cenu dalšího omezení vlastnických práv původního majitele (např. uplatněním určité formy věcného břemene) za předpokladu, že s tím vlastník souhlasí. Pokud by s tím nesouhlasil, měl by stát kulturní památku koupit za tržní cenu. Pokud by na to stát neměl dostatek prostředků, musel by zredukovat počet kulturních památek.
Současné okolnosti nabízejí dlouhodobé řešení vztahu církví a státu. Jedinou podmínkou je formulace a prosazení jasné koncepce. Pokud si navrhované koncepce nezajistí podporu jasné parlamentní většiny, tj. v současnosti poslanců ODS a ČSSD, tak rizika provizorního či polovičatého řešení radí zachovat status quo.
