Zdá se, že ani 10 let po listopadu 1989 nejsme schopni učinit zásadní krok, který by změnil současné financování církví, které je vymezeno zákonem 218/1949 Sb. o hospodářském zabezpečení církví a náboženských společností státem. Doposud chyběla politická vůle cokoli na komunistických pravidlech financování změnit. Tato pravidla logicky nemohou být v souladu se změněnou úlohou církví, kterou v naší společnosti plní po pádu komunismu.
Činnost církví lze podle obsahu rozdělit do pěti kategorií:
- kultovní resp. duchovní, tj. hlavní důvod existence církví
- služby poskytované církvemi – školství, zdravotnictví, sociální péče
- ochrana kulturního dědictví
- charita
- hospodářská činnost církví – správa církevního majetku, nakladatelství apod.
Ti, kdo srovnávají církve s dobrovolnými spolky zahrádkářů, hasičů či přátel žehu a pokoušejí se srovnatelně definovat jejich postavení ve společnosti a odvozovat způsob jejich financování, postrádají přinejmenším smysl pro realitu. Spíše se však nezbavili schematismu komunistického myšlení.
Způsob financování vůbec nereflektuje princip nezávislosti a faktické odluky církví od státu, nevytváří jasně definovaný rámec pro církve v oblasti vzdělání, poskytování sociální a zdravotní péče a ignoruje roli církevního majetku, ať už jako zdroje samofinancování či ve formě kulturního dědictví.
Přestože český stát do organizace a řízení církví a náboženských společenství přímo nezasahuje, může je ovlivňovat prostřednictvím financování. Potenciální hrozba omezení či zastavení financování církví, jakkoli v současnosti málo pravděpodobně samozřejmě ovlivňuje chování církevních představitelů, kteří jsou v podstatě státními zaměstnanci. Jejich nezávislost na státní moci může platit pouze v deklaratorní podobě. Faktická odluka církví od státu je nemožná bez stanovení přesných pravidel financování kultovních aktivit církví bez účasti státu prostřednictvím veřejných rozpočtů. Velkého omylu se dopouštějí ti, kteří prosazují finanční odliku církví od státu a navrhují financovat církve prostřednictvím církevní daně nebo daňové asignace či sponzorské prémie. Všechny tyto tři formy financování předpokládají účast státu, kdy ve všech případech určuje jejich úroveň a podmínky splatnosti. Pokud by se podařilo prosadit některou z těchto forem financování církví, tak by se oproti současnosti změnilo jen málo. Zatímco dnes církve zvyšují výdaje státního rozpočtu, tak církevní daně, daňové asignace nebo sponzorské prémie by snižovaly příjmovou stránku státního rozpočtu. Přímý efekt na veřejné finance by byl velmi malý, jak dokládají zahraniční zkušenosti (Rakousko, Německo), přičemž finanční nezávislost církví by se nezvýšila. Pro skutečnou odluku církví od státu a jejich reálnou nezávislost, což jsou nezbytné podmínky růstu jejich kredibility ve společnosti, je nezbytné zcela oddělit financování činností kultovních od státu a vytvořit podmínky pro jejich samofinancování – z vlastní činnosti, z podnikání, z darů a z dobrovolných příspěvků. Podmínky pro samofinancování by měly být motivační a rozpočtově neutrální, což znamená, že přispěvatelé by nemohli využívat žádných daňových zvýhodnění či odpočtů ze zdanitelného základu nad rámec už existujících. Za těchto okolností neexistuje jediný relevantní důvod, aby stát spravoval církevní majetek. Rychlá restituce církevního majetku by vedla k jeho efektivnějšímu využití, problém jeho rozkrádání by se po restitucích stal vnitřní záležitostí vlastníků a navíc by nás zbavila velkého vnitropolitického a ne zcela bezvýznamného zahraničního politického (smlouva mezi Českou republikou a Vatikánem) problému. S restituovaným majetkem by církve hospodařily jako jakékoli obchodní společnosti a v těchto svých aktivitách by podléhaly stejným právním a daňových předpisům.