Za malé a střední podniky jsou obecně považovány firmy nezávisle vlastněné, které nejsou v dominantní pozici na odvětvovém trhu a splňují určitá kriteria, jimiž obvykle jsou počet zaměstnanců a výše ročního obratu.
Význam malých a středních podniků v české ekonomice v průběhu 90. let stále narůstal. Vždyť změna společenských poměrů u nás vytvořila podmínky pro přeměnu průmyslové struktury – od jedné z nejvíce monopolizovaných ekonomik (s průměrným počtem přesahujícím 2000 zaměstnanců v 1 průmyslovém podniku) na racionální strukturu respektující zájmy obou stran trhu, a to jak nabízejících, tak poptávajících. Jejich potřeby dále určují charakter organizace výroby, používané techniky a technologie, právní formy ekonomických subjektů a dalších. Je přirozené, že od 90. let počet malých a středních podniků u nás dynamicky rostl a jejich podíl na počtu všech podniků v roce 2000 v České republice činil 99,8%. Ve stejné době se výrazně snížil počet velkých podniků. V důsledku toho značně vzrostl podíl malých a středních podniků na zaměstnanosti. Z celkového počtu zaměstnanců v roce 2000 připadalo na malé a střední podniky 59,5 % osob. Jejich podíl na HDP ve stejném roce dosáhl 40,4 %, na celkových výkonech naší ekonomiky se podílely 52,9 % a na přidané hodnotě 52,6 %. V roce 2000 nezanedbatelně přispěly k růstu obratu zahraničního obchodu, kde jejich prostřednictvím bylo realizováno 36,2 % celkového vývozu a 49,4 % celkového dovozu zboží a služeb do naší ekonomiky.
Malé a střední podniky v České republice jsou nejvíce diskriminovány tím, že velké podniky jsou výrazně zvýhodňovány. Jsou favorizovány, jak ze strany státu, tak i bankovních institucí. Mezi velkými společnostmi existuje skupina privilegovaných, čítající především zahraniční investorů, kteří jsou především díky své velikosti schopni kvalifikovat se do programu investičních pobídek, které nabývají následujících forem: dotace na vytváření pracovních příležitostí, dotace na školení a rekvalifikaci, poskytnutí průmyslového pozemku za nízké ceny a/nebo podpora zainvestování sítí a sleva na dani z příjmu právnických osob po dobu 10 resp. 5 let. Všechny tyto pobídky, které jsou nedostupné malým a středním podnikům a znevýhodňují je v soutěži s velkými podniky. Argument, že přítomnost velkého podniku vytváří vhodné podmínky pro malé a střední podniky je slabý, protože pomocí vyšších vyplácených mezd (také v důsledku investičních pobídek) odčerpávají takto subvencované podniky nejkvalitnější pracovní síly z trhu práce, resp. do zaměstnání k velkým podnikům nastupují lidé, kteří by za jiných okolností podnikali a vytvářeli nová pracovní místa.
Bankovní statistiky dokazují, že malým podnikům (podobně jako vysoce zadluženým velkým podnikům) jsou v průměru poskytovány úvěry s vyššími úrokovými sazbami. Proto ve srovnání s velkými podniky méně investují a dlouhodobě vykazují nižší poměr investic k obratu. Malé a střední firmy jsou daleko citlivější na výkyvy monetárních veličin než podniky velké. Jakékoli finanční restrikce projevující se ve zvýšení úrokových sazeb mají pro ně závažnější důsledky než pro podniky velké.
Tato negativa dopadající na malé a střední podniky se pokouší česká vláda kompenzovat prostřednictvím Českomoravské záruční a rozvojové banky (ČMRZB). Ta za 10 let své existence poskytovala zvýhodněné záruky především na investiční a provozní úvěry, zvýhodněné investiční úvěry a finanční příspěvky hlavně na úhradu úroků. Částka 16,5 miliardy korun vydaná ČMZRB, kterou získala převážně ze státního rozpočtu, nemohla srovnat nerovné podmínky pro podnikání, s nimiž se musejí potýkat malé a střední podniky. Zatímco, tato částka napomohla vytvoření 63 tisíc nových pracovních míst, tak mnohonásobně větší částky z veřejných zdrojů utopené v sanacích a revitalizacích velkých podniků, nejenže žádná nová místa nevytvořily, ale většinou ani ty existující nezachránily.
Řešením ovšem není stále rostoucí účast státu v ekonomickém životě společnosti, ať už vytvářením lepších podmínek pro velké podniky a následné kompenzaci malých a středních podniků, nýbrž systémovými opatřeními spočívajícími ve snížení daňové zátěže pro všechny podnikatelské subjekty, efektivnějším vynucování práva v obchodních vztazích a odstraňováním administrativních bariér vstupu do odvětví a možností arbitrárních zásahů státních institucí u v oblasti podnikání.